3×3 Eyes เป็นเรื่องราวของมนุษย์เผ่าซันจิยังอุงคาร่าคนสุดท้าย เหตุการณ์ทั้งหมดเริ่มต้นขึ้นเมื่อ 4 ปีก่อน ภายหลังจากที่ศาสตราจารย์ฟูจิอิ นักค้นคว้าและศึกษาเกี่ยวกับอารยธรรมโบราณ ได้หายตัวอย่างสาบสูญไร้ร่องรอย ระหว่างเดินทางไปค้นหาอารยธรรมโบราณที่ประเทศธิเบต ฟูจิอิ ยาคุโมะ ผู้เป็นลูกชาย ได้ออกติดตามค้นหาพ่อที่ธิเบต ระหว่างสำรวจหาร่องรอยของพ่อ ก็ปรากฏร่างของเด็กผู้หญิงคนหนึ่งชื่อ ไป๋ พร้อมกับจดหมายจากศาสตราจารย์ฟูจิอิที่หายสาบสูญไป