ผีซ่ากับฮานาดะ เป็นเรื่องที่เกี่ยวข้องกับผีแน่นอน แต่เนื้อเรื่องไม่ได้น่ากลัวสยองอย่างที่คิด โดยจะเน้นหนักไปความสัมพันธ์ระหว่างเด็กผู้ชาย นามว่า ฮานาดะ อิจิโระ กับเหล่าบรรดาภูติผี วิญญาณ ที่ยังไม่ได้ไปผุดเกิด ซึ่งหนูน้อยฮานาดะคนนี้ก็มีความสามารถในการมองเห็นวิญญาณ ก็มาจากการที่เขา ประสบอุบัติเหตุรถชน ขณะที่เขากำลังขี่จักรยานหนีแม่ตัวเอง ความสามารถที่เขาได้นั้น กลับไม่มีใคร เชื่อถือเขาเลย เพราะในสายตาของคนอื่นๆนั้น ฮานาดะ เป็นแค่เด็กซุกซน ชอบรังแกคนอื่นเท่านั้น โดยฮานาดะนั้นจะต้องคอยช่วยเหลือเหล่าบรรดาภูติผี วิญญาณ ที่ยังไม่ได้ไปผุดไปเกิด ให้สมหวัง ตามที่เขาต้องการ และจะได้ไปเกิดใหม่อย่างหายห่วง